その年の5月15日現在において確定している前年分の所得金額や税額などを基に計算した金額（予定納税基準額）が15万円以上である場合、第一期（7月1 日から7月31日）および第二期（11月1日から11月30日）に、それぞれの年税額の３分の1相当額の予定納税額を納付しなければなりません。この制度を予定納税といいます。予定納税があった場合、第三期（2月16日から3月15日）分の税額は、算出した税額からこの第一期、第二期に納税した予定納税額を控除して算出します。
なお、予定納税基準額（特別農業所得者以外）は、以下のような計算方法になります。
(1) その年の5月15日現在において確定している前年分の所得のうちに、 山林所得や退職所得などの分離課税の所得や、 譲渡所得、一時所得、雑所得、平均課税を選択した臨時所得が含まれているときは、これらの所得金額を除いて総所得金額を計算します。
(2) （1）の金額から前年分の所得控除額を差し引きます。
(3) （2）の差引後の金額に対する税額を計算します。
(4) （3）の金額から（1）の所得に源泉徴収の対象となる所得があるときには、その所得に対応する前年分の源泉徴収税額（（1）の前年分の所得のうちに、一時所得、雑所得又は雑所得に該当しない臨時所得がある場合、これらの所得に係る源泉徴収税額を除きます。）を差し引きます。
このようにして計算した（4）の予定納税基準額が15万円以上になる人は、予定納税が必要になります。予定納税額は、所轄の税務署長からその年の6月 15日までに、書面で通知されます。
また、その年の6月30日の状況で所得税の見積額が予定納税基準額よりも少なくなる人は、7月15日までに所轄の税務署長に「予定納税額の減額申請書」を提出して承認されれば、予定納税額は減額されます。なお、第2期分の予定納税額だけの減額申請は11月15日までです（この場合には、10月31日の状況において見積ることとなります。）。